1) препроцессорная директива #using подключает фичи платформы .NET Framework, для которой ты, очевидно, и пишешь;
2) опция /clr включает CLR, он же Common Language Runtime - межплатформенный язык, в который компилируются проги VB .NET, VC++ .NET, VJ++ .NET, C# .NET (если это проги .NET, а не просто MFC)
3) #using и CLR не существуют (этой ложки нет, Нео
) по-отдельностиВЫВОД:
Лезем в Project Settings, включаем обратно /clr и больше его не трогаем, радумся наличию #using, ищем глюки в других местах программы.