Для этого необходимо на вспомогательном сервере включить, а на основном выключить глобальный каталог, а затем передавать роли: хозяина схемы, хозяина именования доменов, хозяина относительных идентификаторов RID, эмулятора PDC, хозяина инфраструктуры. После передачи этих ролей можно понижать роль бывшего основного сервера до роли рядового (без Active Directory), а уже затем хоть форматировать на нем диски.
Следует отметить, что если функциональность основного сервера - Windows 2003, то на роль вспомогательного сервера Windows 2000 не пойдет: необходим также 2003 сервер.